清初，分屬齊齊哈爾、墨爾根副都統(tǒng)轄區(qū)，為布特哈總管所屬游牧區(qū)。
清康熙三十年（1691），由布特哈總管管理該處八旗事宜。
清光緒二十年（1894）布特哈總管改設(shè)副都統(tǒng)，將布特哈副都統(tǒng)衙門(mén)移駐博爾多站（今訥河老站）。
清光緒三十二年（1906）屬東布特哈，并于博爾多站東北1公里處建立街基筑城。
清宣統(tǒng)二年（1910）設(shè)置訥河直隸廳，隸屬黑龍江行省。
中華民國(guó)成立后，1913年1月28日，將訥河廳改為訥河縣。
1914年8月，將訥河縣劃歸龍江道管轄。
1915年3月，將訥河縣東部地區(qū)劃出設(shè)置克山設(shè)治局。
1929年2月，裁撤道區(qū)建制后，改由省直轄。
東北淪陷后，初隸黑龍江省，1934年12月劃歸龍江省管轄。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，隸屬嫩江省管轄。
1949年5月，黑、嫩兩省合并后，劃歸黑龍江省管轄。
1954年8月設(shè)立嫩江專區(qū)后，歸嫩江專區(qū)管轄。
1960年5月至1961年10月，嫩江專區(qū)曾一度撤銷時(shí)，劃歸齊齊哈爾市領(lǐng)導(dǎo)。
1985年1月1日，正式撤銷嫩江地區(qū)，劃歸齊齊哈爾市領(lǐng)導(dǎo)。
1992年9月2日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷訥河縣，設(shè)立訥河市（縣級(jí)），改由省直轄，省政府確定由齊齊哈爾市代管。
名稱沿用至今。