秦廢金陵邑，于此置秣陵縣，因此得名。
漢初為秣陵縣；西漢元朔元年（前128）改秣陵侯國(guó)，后復(fù)為縣；王莽新朝改稱宣亭縣；東漢復(fù)舊名。
孫吳稱建業(yè)縣。
西晉復(fù)稱秣陵縣。
隋開(kāi)皇九年（589）廢入江寧縣。
轄境宋代屬馴翚鄉(xiāng)、隨車鄉(xiāng)、萬(wàn)善鄉(xiāng)、開(kāi)元鄉(xiāng)、朱門(mén)北鄉(xiāng)。
北宋景德二年（1005）始置秣陵鎮(zhèn)，設(shè)有秣陵驛、秣陵鋪。
元代設(shè)秣陵巡檢司。
明代置稅關(guān)，稱秣陵關(guān)。
清代秣陵鎮(zhèn)號(hào)為江寧縣三大鎮(zhèn)之一。
民國(guó)初稱秣陵市。
1928年名秣陵鎮(zhèn)。
1949年4月沿之。
1958年秣陵鎮(zhèn)改秣陵人民公社。
1982年改設(shè)秣陵鄉(xiāng)。
1989年1月撤秣陵鄉(xiāng)改設(shè)秣陵鎮(zhèn)。
2004年8月撤秣陵鎮(zhèn)改設(shè)秣陵街道至今。