1934年10月，于燕子磯一帶設南京市第九區(qū)，于孝陵衛(wèi)一帶設南京市第十區(qū)。
1939年1月，改稱為燕子磯區(qū)和孝陵衛(wèi)區(qū)。
1945年，復稱為南京市第九區(qū)、第十區(qū)，并擴大轄區(qū)范圍。
1949年1月，劃出燕子磯區(qū)八卦洲，設南京市第十四區(qū)。
1949年5月，撤銷第十四區(qū)，并入第九區(qū)。
1950年6月，改第九區(qū)為第八區(qū)，改第十區(qū)為中山陵園區(qū)，并調(diào)整轄區(qū)范圍。
1953年7月，句容縣龍?zhí)舵?zhèn)和江寧縣堯辰、石埠、衡陽、仙女、新合、棲霞6個鄉(xiāng)鎮(zhèn)及攝山鄉(xiāng)、三陽鄉(xiāng)部分區(qū)域劃入南京市，新建第九區(qū)，區(qū)人民政府駐棲霞鎮(zhèn)。
8月劃第八區(qū)八卦洲的七里、上壩、中橋、下壩、巽離5個鄉(xiāng)劃歸六合縣。
1955年8月改第八區(qū)為燕子磯區(qū)，改第九區(qū)為棲霞區(qū)。
1956年2月，江寧縣龍永鄉(xiāng)、三陽鄉(xiāng)和句容縣東陽鄉(xiāng)劃歸棲霞區(qū)，六合縣八卦洲5個鄉(xiāng)復歸燕子磯區(qū)。
1958年11月，并入南京市郊區(qū)。
1960年9月，撤郊區(qū)，分屬鼓樓、玄武、下關3區(qū)。
1963年，復設燕子磯區(qū)、中山陵園區(qū)和棲霞區(qū)。
1965年5月，燕子磯、中山陵園區(qū)并入，治在棲霞鎮(zhèn)（1968年遷至板倉鎮(zhèn)，1971年5月遷至堯化門）。
1970年1月劃出馬群、紫金山、玄武湖3個公社和孝陵衛(wèi)鎮(zhèn)，新設南京市鐘山區(qū)。
1975年中山區(qū)并入棲霞區(qū)。
名稱沿用至今。