二甲鎮(zhèn)的形成可追溯至清代初期，當時眾多開荒者來到通州東部沿海燒鹽墾荒，逐漸在現二甲鎮(zhèn)附近東南一帶形成以交易土布、糧油為主的集市——“南安鎮(zhèn)”。
由于交通不便，后來集市慢慢轉移至為防止海潮內灌的西壩（二甲壩），久而久之便形成了新的集鎮(zhèn)。
1952年與海洪、六甲兩鄉(xiāng)合建二甲鎮(zhèn)。
1958年二甲鎮(zhèn)和桂貞鄉(xiāng)合并成聯盟人民公社。
1961年鎮(zhèn)社分治，建二甲鎮(zhèn)。
2000年袁灶、余西、余北三鄉(xiāng)并入二甲鎮(zhèn)。
名稱未變，沿用至今。