清乾隆九年（1744），山東省昌邑縣李家郜、西營(yíng)莊、徐家官莊饑民逃荒來(lái)吉林城東五里許落戶，形成屯落，按原籍取名昌邑屯，屬奉天府永吉州所轄。
乾隆十二年（1747），永吉州改為吉林廳，昌邑屯隸屬吉林廳。
清光緒八年（1882），設(shè)立吉林分巡道，吉林廳改為吉林府，昌邑屯屬吉林分巡道吉林府。
光緒三十三年（1907），吉林將軍衙門改立行省，屬吉林省吉林府。
1913年，吉林府改為吉林縣，屬吉林省吉林縣。
1915年3月，吉林省城警察廳改為省會(huì)警察廳，昌邑屯劃歸省會(huì)警察廳第三警察區(qū)所屬。
1929年吉林市政籌備處成立，警察區(qū)改為行政區(qū)，昌邑屯屬吉林市第三行政區(qū)。
東北淪陷時(shí)期，1936年4月1日，偽市公署成立。
以昌邑屯為中心，將全市劃為5個(gè)行政區(qū)，團(tuán)山子屯、八家子屯、東大灘、向陽(yáng)屯為偽吉林市屬昌邑區(qū)。
1938年廢保甲制，設(shè)東旭、同昌、護(hù)昌、東局子、東大灘、維昌町會(huì)。
1941年8月，將全市劃為10個(gè)區(qū)，廢町公所成立分區(qū)。
昌邑區(qū)事務(wù)所下屬向陽(yáng)、同昌、維昌、護(hù)昌、康祥、永安、瑞昌、靖安8個(gè)分區(qū)。
日本投降后，1946年2月16日，建立昌邑區(qū)民主政府。
同年5月28日，國(guó)民黨政府占據(jù)吉林市期間設(shè)立昌邑區(qū)，置區(qū)公所，下設(shè)向陽(yáng)等21個(gè)保，轄786甲，甲下5戶為一組。
在區(qū)、保之間設(shè)有聯(lián)保，昌邑區(qū)設(shè)向陽(yáng)等8個(gè)聯(lián)保。
1948年3月9日，吉林市解放。
同年4月29日，將全市劃為城內(nèi)五區(qū)、城外五區(qū)，廢區(qū)公所，置區(qū)人民政府。
昌邑區(qū)為城內(nèi)五區(qū)之一，設(shè)振昌等8個(gè)閭，下為鄰。
8月13日，廢閭、鄰制，建立維昌8個(gè)街政府，下為居民組。
1949年1月12日，增設(shè)錢家屯、江灣路、振昌3個(gè)街政府。
1953年4月25日，撤銷第二區(qū)（朝陽(yáng)區(qū)），將其所轄的怡春里、文廟街全部及民主路、車站街大部劃歸本區(qū)，增建怡春里、文廟、民主路、車站4個(gè)街公所。
共計(jì)領(lǐng)屬9個(gè)街公所。
1954年1月12日，第一區(qū)領(lǐng)屬的維昌等10個(gè)街公所分別易制街道居民委員會(huì)。
1955年4月19日，第一區(qū)改稱昌邑區(qū)。
同時(shí)，東大灘等9個(gè)街道居民委員會(huì)分別改為街道辦事處。
1959年1月12日，昌邑區(qū)劃分為昌邑、鐵路2個(gè)人民公社。
昌邑人民公社轄巴虎屯等10個(gè)管理區(qū)。
撤銷通天區(qū)所屬5個(gè)管理區(qū)，劃歸昌邑人民公社。
共轄15個(gè)管理區(qū)。
1960年8月1日，原15個(gè)管理區(qū)合并為東市場(chǎng)（怡春里、車站、桃原路3個(gè)管理區(qū)），文廟、大東門、巴虎屯、東局子、民主路、南馬路分社。
1962年3月28日，撤銷城市人民公社建制，恢復(fù)昌邑區(qū)。
昌邑、鐵路2個(gè)人民公社所屬的分社并歸昌邑區(qū)，并調(diào)整為東市場(chǎng)（怡春里）等12個(gè)街道辦事處。
1964年1月11日，昌邑區(qū)西界，由琿春街向東收縮至南京街和自由路。
同年8月5日，哈達(dá)灣區(qū)并入昌邑區(qū)，其所屬哈達(dá)灣、興華、蓮花泡3個(gè)街道辦事處歸昌邑區(qū)。
同年10月16日，郊區(qū)管轄的九站、頭臺(tái)子、新春、繁榮4個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)劃歸昌邑區(qū)置九站街道辦事處，三道嶺子、七家子、虹園3個(gè)生產(chǎn)隊(duì)劃歸昌邑區(qū)哈達(dá)灣街道辦事處。
至此，昌邑區(qū)共轄11個(gè)街道辦事處。
1969年1月20日，九站街道全部、哈達(dá)灣街道所屬三道嶺子、七家子、虹園生產(chǎn)隊(duì)復(fù)歸市郊區(qū)。
昌邑區(qū)北界，由種馬場(chǎng)、新春生產(chǎn)大隊(duì)向南收縮至沙河子、七家子，面積減至33平方千米。
1979年5月4日，昌邑區(qū)共轄14個(gè)街道。
1981年9月17日，怡春里、維昌街道分別并歸文廟街道和新地號(hào)街道，昌邑區(qū)共轄12個(gè)街道辦事處。
1985年11月6日，延安街道、通江街道轄區(qū)各劃出一部分，組建延江街道辦事處。
至此，昌邑區(qū)人民政府共領(lǐng)屬東局子、新地號(hào)、延安、文廟、站前、民主、南京、蓮花、通江、興華、哈達(dá)灣、新建、延江13個(gè)街道。
1992年2月10日，原郊區(qū)孤店子鎮(zhèn)的曹家、虹光、紅衛(wèi)、孤店子、八虎、四臺(tái)子、荒地、永豐、孤家子、張家店村，九站鄉(xiāng)（除張久村、煙達(dá)木村外）和沙河子鄉(xiāng)的幸福、虹園、七家子、三道嶺村，龍?zhí)多l(xiāng)的東紅、紅升村，九站、雙吉2個(gè)街道劃歸昌邑區(qū)管轄。
同年3月4日正式調(diào)整，原郊區(qū)的九站鄉(xiāng)、孤店子鎮(zhèn)、九站街、雙吉街劃歸昌邑區(qū)。
1999年2月，將九站鄉(xiāng)、九站街劃歸吉林市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)。
2000年1月，永吉縣的兩家子滿族鄉(xiāng)、土城子滿族朝鮮族鄉(xiāng)、河灣子鎮(zhèn)、樺皮廠鎮(zhèn)及船營(yíng)區(qū)管轄的左家鎮(zhèn)劃歸昌邑區(qū)。
昌邑區(qū)轄14個(gè)街道、4個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)鄉(xiāng)（包括由吉林市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)代管的1個(gè)街道、1個(gè)鄉(xiāng)）。
2001年3月22日，左家鎮(zhèn)和河灣子鎮(zhèn)合并為左家鎮(zhèn)。
昌邑區(qū)共轄東局子、新地號(hào)、延安、文廟、站前、民主、蓮花、通江、興華、哈達(dá)灣、新建、延江、12個(gè)街道共68個(gè)社區(qū)和兩家子、土城子2個(gè)鄉(xiāng)，孤店子、樺皮廠、左家3個(gè)鎮(zhèn)，共85個(gè)村，面積769.92平方千米。