馮貝堡鎮(zhèn)舊屬鐵嶺縣。
清光緒三十二年（1906年），劃歸法庫(kù)縣直隸廳，屬正南路巡警分區(qū)（區(qū)公所駐地大孤家子）。
清宣統(tǒng)二年（1910年），實(shí)行地方自治，屬法庫(kù)廳南一鄉(xiāng)（鄉(xiāng)自治會(huì)社在大孤家子）。
民國(guó)二年（1913年），法庫(kù)廳改縣。
民國(guó)十二年（1923年），實(shí)行區(qū)村制，分屬法庫(kù)縣第三、第四兩區(qū)。
民國(guó)十七年（1928年），屬法庫(kù)縣第三區(qū)（區(qū)公所駐地大孤家子），劃分馮貝堡、姑夫屯（工夫屯）、務(wù)名屯、富拉堡子4個(gè)主村，領(lǐng)2個(gè)副村。
偽滿(mǎn)時(shí)期，分屬馮貝堡、拉馬河子2村。
國(guó)民黨占領(lǐng)時(shí)期，沿用偽滿(mǎn)村屯制，村改鄉(xiāng)，屯改保。
民國(guó)三十七年（1948年）2月，法庫(kù)全縣解放，分屬第三區(qū)，第四區(qū)。
1956年，撤區(qū)村建制，分屬拉馬河子、馮貝堡2鄉(xiāng)。
1958年2月，并鄉(xiāng)，劃歸馮貝堡。
1958年9月，實(shí)行公社化，大孤家子、馮貝堡2鄉(xiāng)合并為大孤家子公社，設(shè)馮貝堡管轄區(qū)。
1961年，調(diào)整公社體制，劃出大孤家子?xùn)|半部12個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)，成立馮貝堡公社；后又增設(shè)孫家窩堡、周家溝2大隊(duì)。
1968年6月，成立馮貝堡公社革命委員會(huì)。
1981年，公社革命委員會(huì)改公社管理委員會(huì)。
1983年，馮貝堡公社改鄉(xiāng)。
2010年6月，馮貝堡鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。