方巖鎮(zhèn)清代屬游仙鄉(xiāng)，1934年屬方巖鄉(xiāng)、靈麓鄉(xiāng)，1959年稱方巖管理區(qū)、獨松管理區(qū)、巖后管理區(qū)，1961年公社化稱方巖公社、巖后公社，1983年政社分設(shè)，設(shè)方巖鄉(xiāng)、巖后鄉(xiāng)。
1984年，從方巖鄉(xiāng)劃出巖上、巖下、橙麓3個行政村建縣直屬方巖鎮(zhèn)。
1991年設(shè)立方巖區(qū)時，將方巖鄉(xiāng)并入方巖區(qū)。
鎮(zhèn)人民政府駐地由原先的橙麓村遷至派溪村，原方巖鎮(zhèn)駐地改為區(qū)公所。
1992年撤區(qū)擴鎮(zhèn)并鄉(xiāng)，巖后鄉(xiāng)并入方巖鎮(zhèn)。
2001年7月改稱方巖風(fēng)景區(qū)，原胡庫鎮(zhèn)的雙門村劃入。
2006年6月區(qū)劃調(diào)整，復(fù)稱方巖鎮(zhèn)，名稱沿用至今。